交通部水運部門： 主要負責全國海運、船務代理、集裝箱運輸、碼頭的審批工作； 負責制定有關交通運輸的法律法規；各口岸港口安全監督局： 主要負責安全監督、聯合檢查、地方交通管理部門： 各省市交通管理部門、局主要負責公路運輸和地方航運的管理和監督。

 

　　鐵道部組織；交通運輸局： 主要負責全國鐵路運輸管理和國際貨物多式聯運工作貨運局： 負責制訂客貨運輸規例、制訂及修訂客貨運價及貨運里程表、貨物管理及裝卸作業、貨物運輸安全及貨物意外處理等事宜。

 

　　外事局： 主要負責國際鐵路多式聯運，如國際鐵路多式聯運專題會議、全國鐵路會議和交通運輸工作會議； 監督國際多式聯運條例、雙邊鐵路協定和議定書的執行情況； 處理邊境車站的日常涉外工作； 鐵道部各局： 負責各局交通規劃和條例的執行，以及管轄范圍內的分局和車站的正常管理。

 

　　民用航空局審批全國民用航空公司和經營民用航空貨運代理的企業的經營權，制定規章，在對外經濟貿易合作體系中進行航空管理。 對外貿易經濟合作部對外貿易貨運協調司，是對外貿易經濟合作體系中對外貿易運輸的集中領導部門，負責全國貨運代理的審批、管理和認證工作，負責對外貿易運輸規劃的編制和實施，起草并參加對外貿易運輸協定的簽訂。